ドツクゾーンとの戦いが終わり、普通の女子中学生として3年生に進級したなぎさとほのか。
しかし光の園では先の戦いで傷ついたクイーンが12のハーティエルに分裂して虹の園に散らばってしまうという事件が起こっていた。
一方虹の園ではジャアクキング復活を目論む闇の四天王が集結。
新たな危機になぎさとほのかは再びプリキュアとして戦うことを決意する。
3人目の戦士シャイニールミナスに覚醒した謎多き少女・九条ひかりを新たな仲間に加え、闇の力と戦いながらクイーンを復活させるためにハーティエル集めをすることとなる。